====== Tutorial ======
  * http://ambermd.org/tutorials/
  * http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/2016_AMBER_tutorial_with_Beta_Trypsin

====== Basics ======
===== Atom Mask =====
 * [[https://amberhub.chpc.utah.edu/atom-mask-selection-syntax/ | Link]]
|Syntax| Example|
|:{residue numlist}|	’:1-10’, ’:1,3,5’, ’:1-3,5,7-9’|
|@{atom numlist}|	’@12,17’, ’@54-85’, ’@12,54-85,90’|
|:{residue namelist}|	’:LYS’, ’:ARG,ALA,GLY’|
|@{atom namelist}|	’@CA’, ’@CA,C,O,N,H’|
|@%{atom type name}|	’@%CT’|
|@/{atom_element_name}|	’@/N’|
|Selection for CHAIN ID’s|	#Select chain A \\ ::A \\ # Select residues 1-10 of chains A, B, and C \\ ::A,B,C:1-10\\ # Select protein backbone atoms of residues 2-20 in chains A and B \\ ::A,B:2-20@CA,C,O,N|

====== Links ======
  * http://ambermd.org/

====== Procedure by Ge HAN ======
使用Amber进行MD simulation的流程（以ubiqutin为例），总共分为五步：
  * Build(只保留蛋白质的原子，并且在这些原子的周围加上水盒). A: 提取出来各个原子的坐标信息。B: 然后运行tleap –s –f ./startup.rc。C:下次如果再运行的话，需要先删除文件wbox.* *.log 以及文件input.pdb
  * Minimize(使整个蛋白质的能量最小化).A:使用的是Amber中的pmemd。B:下一次运行的话，需要先删除文件mdinfo，min*.rst，*.out。
  * Heat(对整个环境进行升温)。A:使用的是Amber中的pmemd.cuda.B:下一次运行的话，需要先删除mdinfo，heat.nc，*.out，heat.rst文件。
  * Equil(使整个环境达到一种稳态)。A:使用的依然是Amber中的pmemd.cuda. B:下次运行的话，需要先删除文件：mdinfo，equil.nc，*.out，run000.rst（二进制文件）。
  * Run(对每一个产生的文件你，运行我们的程序)A：使用的依然是Amber中的pmemd.cuda。