Tutorial

Basics

Syntax	Example
:{residue numlist}	’:1-10’, ’:1,3,5’, ’:1-3,5,7-9’
@{atom numlist}	’@12,17’, ’@54-85’, ’@12,54-85,90’
:{residue namelist}	’:LYS’, ’:ARG,ALA,GLY’
@{atom namelist}	’@CA’, ’@CA,C,O,N,H’
@%{atom type name}	’@%CT’
@/{atom_element_name}	’@/N’
Selection for CHAIN ID’s	#Select chain A ::A # Select residues 1-10 of chains A, B, and C ::A,B,C:1-10 # Select protein backbone atoms of residues 2-20 in chains A and B ::A,B:2-20@CA,C,O,N

使用Amber进行MD simulation的流程（以ubiqutin为例），总共分为五步：

Build(只保留蛋白质的原子，并且在这些原子的周围加上水盒). A: 提取出来各个原子的坐标信息。B: 然后运行tleap –s –f ./startup.rc。C:下次如果再运行的话，需要先删除文件wbox.* *.log 以及文件input.pdb
Minimize(使整个蛋白质的能量最小化).A:使用的是Amber中的pmemd。B:下一次运行的话，需要先删除文件mdinfo，min*.rst，*.out。
Heat(对整个环境进行升温)。A:使用的是Amber中的pmemd.cuda.B:下一次运行的话，需要先删除mdinfo，heat.nc，*.out，heat.rst文件。
Equil(使整个环境达到一种稳态)。A:使用的依然是Amber中的pmemd.cuda. B:下次运行的话，需要先删除文件：mdinfo，equil.nc，*.out，run000.rst（二进制文件）。
Run(对每一个产生的文件你，运行我们的程序)A：使用的依然是Amber中的pmemd.cuda。