http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/ 2026-05-15T12:24:00+00:00 http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/ http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/_media/wiki:dokuwiki.svg text/html 2026-05-07T04:22:02+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:beforeclass?rev=1778127722&do=diff 分组 分组 VSCode使用 课前准备：VSCode使用 PyMOL使用 课前准备：PyMOL使用 text/html 2026-03-18T08:40:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:guide?rev=1773823249&do=diff 1. VSCode的使用 使用VSCode连接远程服务器，并设置免密登录 （视频中缺失了1.1的步骤7，在服务器端安装插件，大家可以自行完成） 2. PyMOL的使用 PyMOL可以读取.pdb/.cif/.mol等格式的结构文件，并进行可视化 text/html 2026-03-18T07:22:43+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:homework1?rev=1773818563&do=diff Homework1 1. 内容介绍 2. 一些提示 PyMOL可以读取.pdb/.cif/.mol等格式的结构文件，并进行可视化 2.1 PyMol的安装 2.2 PyMOL的简单使用 2.3 PyMOL可视化例1 2.4 PyMOL可视化例2 text/html 2026-03-18T08:47:45+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:homework2?rev=1773823665&do=diff Homework2 20260318更正：pdb需要突变的位点133并不是R，而是V。问题出在参考paper里的pdb和实际的pdb在氨基酸残基编号上有错位：paper的R133在实际的PDB文件中是R135，所以大家要做的突变是R135A 1. 内容介绍 text/html 2026-03-03T00:49:45+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week01?rev=1772498985&do=diff 课前准备 1. 确认组别 2. 配置VSCode 课程材料 课程录像 1.1 课程介绍（含考核方式） 1.2 PDB 1.3 二面角的定义 1.4 pdblib计算二面角 1.5 拉氏图 课堂练习 练习内容 练习参考答案：/home/data/public/week01/1_calculate.ipynb text/html 2026-03-18T07:34:16+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week02?rev=1773819256&do=diff 课程材料 课程录像 2.1 课程介绍 2.2 Python与C的混合编程 2.3 如何使用CUDA编程来加速计算 2.4 如何编写高效的python代码 课堂练习 1. 练习内容 2. 练习引导 3. 参考答案 可以通过以下指令将参考答案复制到个人目录下 text/html 2026-03-11T05:55:58+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week03?rev=1773208558&do=diff 课程材料 课程录像 3.1 MD概述 3.2 MD算法（力场） 3.3 其他部分 周期性边界条件、质子化状态、系综 3.4 文件格式 3.5 Demo 1_build 2_minimize/3_heat/4_equil/5_run 课堂练习 1. 生物背景 text/html 2026-03-18T08:48:21+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week04?rev=1773823701&do=diff 课程材料 课程录像 4.1 Amber/AmberTools选择语法 4.2 MD输入文件.in文件格式 4.3 Time-course RMSD 4.4 PCA 方法1 4.5 MAD2概述 4.6 二级结构 4.7.1 PCA 方法2 4.7.2 PCA 方法2（主成分可视化） 4.8 MD轨迹视频 text/html 2026-03-25T08:23:35+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week05?rev=1774427015&do=diff 课程材料 课程录像 5.1 基础概念介绍 5.2.1 MM-PBSA 5.2.2 Demo1 5.3.1 Umbrella Sampling 5.3.2 Demo2 text/html 2026-04-02T03:06:45+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week06?rev=1775099205&do=diff 课程材料 课程录像 6.1.1 增强采样 6.1.2 aMD 6.1.3 结合自由能 6.1.4 TI 6.1.5 FEP 6.1.6 TI/FEP的工作流程 6.2.1 Demo1：aMD 6.2.2 Demo2：相对结合自由能的计算 课后材料 1. Background 2.1.1 TI text/html 2026-04-08T07:57:41+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week07?rev=1775635061&do=diff 课程材料 课程录像 7.0 一些碎碎念 7.1 基础介绍 7.2.1 非线性拟合 7.2.2 Demo1.1 7.3.1 MLP 7.3.2 Demo1.2 7.4.1 PCANN介绍 7.4.2 数据集 7.4.3 模型 7.4.4 训练与分析 text/html 2026-04-15T14:22:48+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week08?rev=1776262968&do=diff 课程材料 课程录像 8.1.1 RNA基础知识 8.1.2 RNA二级结构 8.1.3 基于能量的RNA二级结构预测 8.2.1 SPOT-RNA概述 8.2.2 数据集 8.2.3 模型 8.2.4 指标 8.2.5 训练 8.2.6 评估 8.2.7 课后练习 text/html 2026-04-29T15:10:45+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week09?rev=1777475445&do=diff 课程材料 课程录像 9.1.1 结构解析方法简介 9.1.2 PDB文件中的晶体参数 9.2.1 Outline of the demo 9.2.2 Attention 9.2.3 Self-Attention 9.3.1 AlphaFold2的Evoformer 9.3.2 AlphaFold2的Structure Module 9.4 SPIRED text/html 2026-04-29T14:00:46+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://rainbow.life.tsinghua.edu.cn/wiki/biocomput:week10?rev=1777471246&do=diff 课程材料 课程录像 10.1.1 Introduction of DFT 10.1.2 Introduction of GAFF 10.2 Demo1: Gaussian 10.3 Demo2: GAFF 10.4.1 Demo3: AutoDock Vina 10.4.2 Demo4/5: AI Docking