Homework2

20260318更正：pdb需要突变的位点133并不是R，而是V。问题出在参考paper里的pdb和实际的pdb在氨基酸残基编号上有错位：paper的R133在实际的PDB文件中是R135，所以大家要做的突变是R135A

• PyMOL可视化，详见 课前准备的 2. PyMOL的使用。注意pymol.pdf中更新了 1.4 可视化MD轨迹，供参考
• MD模拟，详见 Week03。其中课堂练习提供了一个指南week03指南.pdf，首先是一个checklist，在完成长时间模拟之前需要检查是否完成了这些项
• 结果分析的部分，详见 Week04。time-course RMSF详见 Week02 的 2.4 如何编写高效的python代码，对应week02的 demo3

• GPU的使用仍然需要预约： GPU预约表
• 模拟前需要使用propka3计算蛋白质各残基的pKa，确定质子化状态。如果是在1_build/propka这个目录下，执行propka3 ../初始蛋白质.pdb可以得到一个.pka文件。模拟条件为生理条件pH=7.4，如果某个残基（ASP/GLU/HIS）的pKa大于7.4，则需要被质子化成（ASH/GLH/HIP），这一步需要修改1_build/convert.py来完成
• 分析结果的时候，总是可以先在10帧或100帧的轨迹上进行操作，debug自己的代码，预估计算结果和计算时间，然后再在成千上万帧的轨迹上操作。如何导出少量帧的轨迹，一般是修改对应的gen_in.py。比如将for i in range(1000)修改成for i in range(1)或者for i in range(0, 1000, 100)等等
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