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Tutorial

Basics

::A # Select residues 1-10 of chains A, B, and C ::A,B,C:1-10 # Select protein backbone atoms of residues 2-20 in chains A and B ::A,B:2-20@CA,C,O,N

使用Amber进行MD simulation的流程（以ubiqutin为例），总共分为五步：

Build(只保留蛋白质的原子，并且在这些原子的周围加上水盒). A: 提取出来各个原子的坐标信息。B: 然后运行tleap –s –f ./startup.rc。C:下次如果再运行的话，需要先删除文件wbox.* *.log 以及文件input.pdb
Minimize(使整个蛋白质的能量最小化).A:使用的是Amber中的pmemd。B:下一次运行的话，需要先删除文件mdinfo，min*.rst，*.out。
Heat(对整个环境进行升温)。A:使用的是Amber中的pmemd.cuda.B:下一次运行的话，需要先删除mdinfo，heat.nc，*.out，heat.rst文件。
Equil(使整个环境达到一种稳态)。A:使用的依然是Amber中的pmemd.cuda. B:下次运行的话，需要先删除文件：mdinfo，equil.nc，*.out，run000.rst（二进制文件）。
Run(对每一个产生的文件你，运行我们的程序)A：使用的依然是Amber中的pmemd.cuda。